在神奇的阿罗拉地区，小智和他的伙伴们继续展开冒险之旅。这一次，他们被卷入了一场关于神秘精灵梦幻和波尔凯尼恩的传说中。波尔凯尼恩是一个充满力量且性格孤僻的精灵，它守护着一件重要的神器——阿尼亚之石，这件神器不仅关系到人类与精灵的和平共处，更承载着一段跨越千年的秘密。

故事从波尔凯尼恩意外受伤后失去记忆开始，小智和皮卡丘决定帮助它找回记忆，并保护阿尼亚之石免遭邪恶势力利用。途中，他们遇到了对波尔凯尼恩抱有误解的人类，通过一次次沟通与合作，逐渐消除了彼此间的隔阂。最终，在大家共同努力下，波尔凯尼恩重新记起了自己的使命，并成功阻止了企图利用阿尼亚之石制造灾难的反派。

这部剧场版不仅展现了友情的力量，还传递出人与自然和谐共生的重要性，让观众感受到温暖与希望。